海外の仕入にかかる消費税の取扱いについて

当社は海外の商品を買い付け販売しております。
会計ソフトの入力にあたり海外からの商品の代金、購入にかかる関税、運送料、消費税と地方消費税は全て勘定科目を「商品仕入」として処理し、消費税の課税区分は「不課税仕入」として処理しています。
特に会計事務所から指摘を受けたことはないのですが、通関手続きを代行してくれる業者からの明細書には消費税と書かれているので、国内仕入と同様、売上にかかる消費税から納めた消費税を控除することは出来ないのでしょうか？

海外の仕入にかかる消費税は、国内仕入と同様売上にかかる消費税から控除することができます。輸入仕入＝不課税仕入としてしまうことは貴社にとっては不利な処理です。
ただし、申告書では国内仕入とは分けて認識する必要があるので会計ソフトの入力の時には国内仕入と別の輸入専門の課税区分を使う必要があります。
の会計ソフトの種類により、また税抜き、税込経理処理の違いにより入力する仕訳や勘定科目が変わってきます。

商品代金請求書には消費税はかかれていません。通関手続きを代行してくれた業者から来る請求書に、関税、消費税、地方消費税、運送料と書かれています。
明細には消費税と地方消費税が一本で作成されており内訳がない明細書もあります。
消費税と地方消費税は別々に認識する必要があるので、この場合には一括で書かれている消費税を4/5（消費税）、1/5（地方税）に按分して認識するしかないでしょう。

また運送料にも消費税がかかっているものとかかっていないものとがあるので明細書をしっかりと確認する必要があります。
一度輸入仕入れの仕訳マニュアルさえ作れば後は簡単です。