年俸制の欠勤控除はどうやって行うのか

一部社員の給与を年俸制としており、年俸を16分割し1/16を各月に支給し、残りの4/16を年2回の賞与で支給しています。こういった場合の欠勤控除はどうやって行えばよいのでしょうか。

本来、年俸制は、年単位で給与額を決める制度ですので、欠勤控除は想定し得ない制度だといえます。しかし、年俸者が欠勤した場合、就業規則や雇用契約時に控除する旨が明確になっていれば、ノーワーク・ノーぺイの原則に基づき欠勤控除は問題ありません。

ご質問の場合は、年俸の一部が便宜的に支給される賞与分も含めた年俸の総額が欠勤控除の対象となります。
具体的な方法は、

1. 年俸に対して365分の1を控除する
2. 年俸に対して年間の所定労働日数分の1を控除する

という方法がありますが、（1）の方法では、年俸制とは言え、労働の提供がない休日も給与を支給していることになってしまう（極端なことを言うと一年の全ての労働日を休んだとしても給与の支給がある）ので、（2）の方法が良いと思います。

また、年俸を単純に1/12で月額支給していて、月額給与を控除対象にする場合には

1. 1/12の月額給与に対して当該月の暦日数分の1を控除する
2. 月額給与に対して月所定労働日数分の1を控除する
3. 月額給与に対して年間平均所定労働日数分の1を控除する

という方法があります。
（1）は年俸制の場合と同じですので、（2）か（3）の方法を取ることが良いかと思います。